Die künstlerischen Darstellungen eines Mandala dienen im Vajrayana dem Meditierenden (Yogin) als Visualisierungshilfen. Das tibetische Wort für Mandala, »Kyilkhor«, wird als »Zentrum« (Kyil) und »Umgebung« (Khor) verstanden, wobei die Mitte von einer zentralen Gottheit und die Peripherie von dem sie umgebenden Gefolge eingenommen wird, so etwa beim Mandala des Nilambaradhara-Vajrapani.

In der Meditation stellt sich der Yogin vor, dass er selbst als zentrale Gottheit das Zentrum des Mandala einnimmt, während die Gottheiten im Gefolge nur deren Emanationen darstellen. Der Yogin versucht, durch die Meditation über das Mandala dem Absoluten, also der Erleuchtung, näher zu kommen. Je nach Komplexität kann ein Mandala mehr als 200 Gottheiten enthalten.

Die Meditationsgottheiten, die im Mandala residieren, sind von unterschiedlicher Gestalt. Sie können eine friedliche, eine zornvolle oder eine halb zornvolle, halb friedliche Form haben. Die zornvollen Formen gelten als besonders machtvolle Mittel, um die Hindernisse auf dem Weg zur Buddhaschaft auszuräumen (z.B. Mandala der hundert fried- und zornvollen Gottheiten).

Bevor der Yogin mit den Meditationen über ein Mandala beginnnen darf, muss er von einem Lama (sanskrit: Guru) im Rahmen einer Weihezeremonie in den Kult des betreffenden Mandala eingeführt werden.